水中总磷包括溶解和不溶解的各种形式磷酸盐和含磷有机物。应先消化使含磷有机物转化成可溶的磷酸盐，消化也会使偏磷酸盐和焦磷酸盐转化成正磷酸盐。有机含磷物质类型不同，转化成无机磷酸盐的难易程度也不相同，故采用的消化方法也不相同。有高氯酸法、硫酸-硝酸法以及焦硫酸盐消化法。一般工业废水及生活污水，尤其是养殖用水，一般可用浓硫酸消化。

消化后水样中的正磷酸盐，与钼酸铵试剂在强酸溶液中作用，生成淡黄色磷钼酸铵: 

PO43-+3NH4++12MoO42-+24H+=(NH4)3PO4. 12MoO3+ 12H2O

磷钼酸铵在一定酸度下，可被还原剂(如氯化亚锡、抗坏血酸、亚*等)

还原成蓝色化合物，叫“钼蓝":

(NH4)3PO4●12MoO3+SnCl2+H+→(MoO2 ●4MoO3)2●H3PO4(钼蓝大致成分)

钼酸铵浓度(为0.05%)过高、溶液酸度又太低时，则过量钼酸铵也能还原生成“钼蓝"。

反之，溶液酸度过高、钼酸铵浓度过低时，则磷钼酸铵还原的蓝色就会大大降低。氯化亚锡不能用量过多，否则“钼蓝"会进一一步还原， 使溶液呈浅绿色，妨碍测定。一般100毫升溶液氯化亚锡用量为0.01-2.1毫克之间均可。显色速度和颜色强度与溶液的温度有关，温度每升高1°C颜色强度约增加1%，故比色溶液间的温差不能超过2C。显色温度在20-30C范围内。本方法在1厘米比色杯中，zui低检出浓度为0.2毫克磷/升。